以往对于靖难之役中建文帝一方的败因，多归纳为文武矛盾与黄子澄、齐泰误国，实际上建文朝的派系斗争也是不可忽视的因素，甚至说是主要因素也不为过。黄子澄、齐泰(尤其是黄子澄)不仅在军国大事上谋国不臧，而且还把持朝权，败坏政治。
朱元璋去世，朱允炆即位。当时无论在野还是在朝，士大夫们都切注视着这次皇位更迭。如前所述，方孝孺、张紞、陈迪、董伦等在蜀滇为官，相当于在野，他们对朱允炆的人格、习性熟知已久，欢迎建文即位;而黄子澄、齐泰、耿炳文、徐辉祖等朱元璋在晚年就颇为瞩意的在朝顾命大臣，也自忖可在新朝大展身手。至于真正的在野者，如解缙、刘璟，也对建文之立，翘首以盼，渴盼仕途命运之转机。
其实，建文朝内部的派系分野和斗争深刻地影响着建文朝政局，应当予以更多的重视。王绅《继志斋集》有《上吏部书》云：
然而位过于器而器愧于位者有之，至于职小于才而才浮于职者何限，亦有才品相丁而所任非其所长、所职非其所事者。
是知当时朝廷人事、行政，并非人尽其才，亦非一团和气。
实际上，建文内部的派系分野，绝不仅仅限于文武之争。如前所述，耿炳文、徐辉祖等亲信武臣的忠诚度绝不在于文臣之下。当然，文武之争仍然是建文朝明显的一对矛盾，无可讳言。不过，文臣内部的派系分野深刻影响着政局，同时曲折作用了改制。
猥琐男主持军政
史料显示，黄子澄、齐泰是建文朝最具权力的重臣，二人把持军政大权，削藩、战事、选官都大权掌于其手。黄子澄较齐泰，权力更大。二人命运随靖难战事而摇摆，不过朱允炆对他们的信任却始终如一，贬官撤职也不过是私使募兵。
建文前期，二人可谓权势熏天。甚至到建文后期，他们的权力也只是稍有减弱，可用“柄国”形容齐黄的权力。
笔者要指出的是，二人仅主持军政和削藩，并未过多注重改制事宜，甚至朱允炆本人也对军政不甚关心，放权二人。这种分工格局，也影响着建文朝的内外政局。到建文中期之后，二人遭贬而权力下降，原先赞佐的方孝孺便开始参与军政。下面详加论述。
黄子澄、齐泰享有比其他所有建文朝臣都更优越的条件，成为建文朝最具权力的臣僚。
其一，齐黄二人均在洪武末期已被朱元璋所青睐。黄子澄为朱元璋选定的东宫官员，“东角门之对”又为他赢得了朱允炆的无上信任。齐泰更以“九年无过”、“素知边事”博得朱元璋的赏识，有史料甚至认为朱元璋顾命齐泰：
三十一年五月，太祖不豫，甲申日召齐泰受顾命辅皇太孙，明日崩於西宫。
这则材料的真实性并非百分之百，不过齐泰被朱元璋委以重任则是事实。
其二，二人都有强烈的削藩诉求，在军国重事上朱允炆赋予了他们极大的信任和权力。这两点，都是别人所不具备的。
尤其是洪武末期，方孝孺、张紞、董伦等人要么根本在野，要么就远在滇蜀。东宫旧臣比不上东宫新臣，儒学型士大夫在顾命军国重臣相较下，也显得分量较轻。齐黄二人，便获得了“柄国”地位。
朱允炆即位之年，黄子澄、齐泰便获得了柄国执政地位。黄子澄以太常寺卿兼翰林学士，齐泰则改兵部尚书，同参国政：
(今南京吏部卷内有)九月，……以兵部尚书茹瑺为吏部尚书，工部侍郎练子宁为吏部左侍郎，蹇义为右侍郎。……以兵部左侍郎齐泰为兵部尚书，右侍郎刘儁为左侍郎。
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