吴三桂举起判旗之后，康熙立即在全国范围内公布罪状，处死在京中的儿子，并且停止撤尚可喜，耿仲明二番，对于耿仲明在京的弟弟，宽容处理。此后，耿精忠，尚之信熠熠反清，康熙始终进行招抚，称其变乱为“无知诱惑”，表白说自己绝不食言。在军事上，康熙制定了一套准确与周密的作战计划。在一方面，他派遣将士分赴常德，四川，荆州，安庆等地拦截吴军和割断吴，耿联系，在另一方面，他积极部署后方，以山东兖州。山西太原为后方军队的集中点。
变乱发生后，吴军来势凶猛，迅速攻陷岳州、衡阳等地。后耿精忠据福建反清，继而陕西提督王辅臣亦在吴三桂的诱引之下反清，占领平凉，和进攻四川的吴将王屏藩互相呼应。数月之间，陕、甘、川、湘、黔等省均为吴军控制。吴三桂自然被胜利冲昏头脑。自以为用兵之术天下无双，企图开始压迫康熙和谈。
然而，康熙早已看穿其狡诈心理，不但不为所动，还积极备战。首先，命清军挺进岳州，展开直接进攻。其次，在慰勉王辅臣失败之后，进军平凉，迫王投降，王屏藩亦失去声援，逃往汉中。最后，得知吴三桂“谋结青海多尔济”之企图，康熙立即命张勇屯甘州防御，使青海与硕特各部“归故巢”。自此，清廷大体平定陕甘，以致吴三桂阴谋彻底破产。后于十月，耿精忠降清，福建被收复。康熙十五年五月，清军又攻取了广西。
清军于十八年初先后攻占长沙、衡阳。十九年正月，清军提督攻克成都。二十年十月，昆明城下，清军大获全胜。三桂孙世璠自杀，余党被活捉，械送北京而处以磔刑。
所以最后康熙帝顺利的平定了三藩之乱，清廷也顺利的取得最后的胜利。
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