《善恶的彼岸》
在尼采的“晚期作品”中，1886年出版的《善恶的彼岸：未来哲学的序曲》（Jenseits von Gut und B?se. Vorspiel einer Philosophie der Zukunft）最接近于他的中期作品的风格。在这本书里尼采定义了真正的哲学应该具备的条件：想像力、自我主张、危险、创意、以及“价值的创造”——其他的他都认为是附带的条件。从这里触发尼采质疑了一些哲学传统上的重要假设，例如许多哲学流派常使用的“自我意识”、“知识”、“真理”、以及“自由意志”等概念。尼采批评这些传统概念是没有足够证据的，他改提出力量意志(the will to power)来解释人类的行为，尼采在书中提出他对“生命的观点”，并且认为那是“超越善与恶的”，否定人类世上存在着一套普世的道德。在知名的主人-奴隶道德说里尼采重新评价称霸西方哲学已久的人文主义传统，他主张即使是对于弱者施与支配、占有甚至伤害，也不见得是任何人都有资格指责。尼采在这本书里贯彻道德相对主义以及观点主义的论点。
《道德谱系学》
由三篇专文构成、在1887年出版的《道德谱系学》（Zur Genealogie der Moral）一书是尼采在进入混乱的1888年前的最后著作。每篇专文都专注于讨论道德概念的发展以及传统，尼采试着证明当代道德观的最初起源根本没有半点道德根据，残酷的权力斗争才是形塑道德的主要角色。与其他作品相较，这本书在写作形式和语调上都较为倾向哲学论述的风格，也因此这本书成为哲学界对于尼采思想分析的主要来源。
在第一篇专文中尼采将基督教的道德观追溯至那个被他称为“奴隶借由道德造反”的时期，他描述位居社会底层的成员对于那些强大、富有而高贵的上层成员的“怨恨”。贵族成员们是以“好/坏”作为价值的区分标准，认为他们在社会中所占的优势证明他们自身的优越，并且藐视那些底层的成员。而奴隶们则发现他们无法面对自己被强者征服的事实，于是构思出一套“想像的复仇”，将那些强者描述为“恶”、并将他们自身描述为“善”，也因此建构出基督教的道德观，透过这套道德观，无能而软弱的成员才有资格住在地球上。
在第二篇专文中尼采则描述在这套道德观浮现前的社会的景象（他将之称为“传统的道德”），在那之前以暴力伤害人的权利来自于人的能力，就如同动物也有记忆和进行承诺的能力一般，违背承诺者会遭致的惩罚就是被暴力伤害。也因此，依据尼采的说法，惩罚的传统并不是来自于任何道德目标或理论。“坏的结果”也是在道德观浮现前的社会就已存在的概念。若是人不再有自由四处游荡和进行劫掠，他所带有的暴力的动物本性便会转而发泄至自己身上。
在第三篇专文里尼采则讨论到基督教道德观里所呈现的“完美的禁欲者”的概念，尼采主张埋藏在这个禁欲概念之后的只不过是一连串可笑而又没有根据的迷信，即使在现代社会，这些迷信仍然企图以新的、“秘密的”形式腐败人类。
《瓦格纳事件》
《瓦格纳事件：一个音乐家的问题》是尼采在1888年出版的第一本书，1888年是尼采创作的高峰期、但也是他发疯前最后一年。在这本书里尼采规模空前而毫无节制的攻击理查·瓦格纳，他承认瓦格纳的作品是极为杰出的音乐成就，但他批评那只不过是文化衰退和虚无主义的产物，也因此只是象征软弱无能。这本书显示尼采也是相当犀利的音乐评论家，并且也替他后来在对艺术本质、及艺术在人类未来扮演的角色的思考上奠定基础。
《偶像的黄昏》
同在1888年出版的《偶像的黄昏：或怎样用锤子从事哲学》（G?tzen-D?mmerung, oder Wie man mit dem Hammer philosophiert）是极具争议性的一本书，书名是取自瓦格纳的同名歌剧尼贝龙根的指环中第四部“诸神的黄昏”（Die G?tterd?mmerung）。在这本篇幅不多的书里，尼采重新提出并且总结对于许多主要哲学家（苏格拉底、柏拉图、康德、以及其他基督教哲学家）的批评。他在“苏格拉底的问题”这个章节里指出没有人可以计算生命的价值为何，任何试图计算生命价值的人都只是证明自己具有否定生命或是肯定生命的倾向。他认为在苏格拉底之后的哲学发展都是“堕落的”，因为那些哲学家们企图以辩证法作为自我辩护的工具，而传统思想的权威则被毁灭。尼采批判了当时的德国文化相当单纯而幼稚，并向许多主要的法国、英国、以及意大利文化代表人物开炮。比起那些所谓的“颓废主义”，尼采更赞成像凯萨、拿破仑、歌德、修昔底德、以及诡辩家们，他认为后者比起前者要来的健康而强壮多了。这本书的最后告诉了读者们尼采最重要的计划：重新评价所有的价值观（Umwertung aller Werte）。同时古罗马的文明成就在尼采来看要比古希腊高多了。
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