在1893年尼采的妹妹伊丽莎白从世界之最圭返回德国，殖民地计划以彻底失败告终，她的丈夫还在那里自杀了。回到德国后，伊丽莎白开始阅读尼采的著作，并且一步接着一步的控制了这些著作以及它们的出版。奥韦尔贝克最后被伊丽莎白驱离，但彼得·加斯特则选择和她合作。在母亲于1897年去世后，尼采搬到魏玛，由伊丽莎白负责照顾他，伊丽莎白也允许一些包括鲁道夫·斯坦纳在内的访客前来探望已经无法与人正常沟通的尼采。
一些人经常举出梅毒为尼采发疯的病因，然而，许多尼采的病征、以及他在发疯之前的很长一段时间的健康状况似乎与传统的梅毒感染不同。虽然大多数人都认为尼采的发疯与他的哲学思想无关，但有一些人则主张他发疯的缘故是他自己哲学思想所带来的心理失调。
在1900年8月25日，尼采死于肺炎，伊丽莎白将他与父亲的坟墓并列安葬。他的朋友加斯特在葬礼上致哀悼词道：“愿你神圣之名受所有后代彰显！”（尽管尼采曾在《瞧！这个人》一书中表示他不希望自己被人称为“神圣的”）。
在尼采死后不久，妹妹伊丽莎白将他留下的一些笔记整理为《权力意志》一书出版。由于这本书是由他妹妹编汇的，学者一般认为这本书并没有反应出尼采的真正思想。研究尼采的学者Mazzino Montinari便说《权力意志》一书“根本是假的”。伊丽莎白篡改和删除许多尼采原稿的段落，例如在《反基督》一书的第35节中，伊丽莎白便删去尼采为了讽刺圣经而写下的一段落。
哲学思想
作为身具影响力的哲学家，对尼采思想的研究却可能是在当代哲学界缺乏共识的领域。人们可以容易的看出尼采提出的主要概念，但这些概念背后的真正涵义、以及这些概念的重要性先后都是相当具有争议的。尼采曾知名的提出“上帝已死”的主张，而这种上帝之死不是为了形塑成激进的观点主义，便是迫使读者接受“真相”永远是具有既定观点的主张。尼采也区分主人-奴隶道德说，主人的道德是来自于对生命的颂扬，而奴隶的道德却是来自于对前者的愤恨。这种区分方式直接指出“好与坏”与“善与恶”两种道德标准的冲突，更重要的是，在主人道德中的“好”却在奴隶道德中被视为是“恶”。
从道德与伦理引发的各种争议也因此可以被归属为心理学的领域，尼采提出的观点主义可能减少知识论在心理学界的重要性。尼采作品中频繁地出现了“权力意志”的概念，在最基本上，尼采曾主张意志的力量在解释人类行为上要比柏拉图学派的爱欲（Eros）概念、叔本华的“生存的意志”、或是功利主义的道德主张都要来的清楚有力多了，但若从这个概念进一步延伸，尼采的涵义究竟为何则仍有争议。
许多尼采的哲学思想都带有批判性的风格，尼采常受到“缺乏一套建设性的体系”的批评。然而，尼采自己曾表示他不认为哲学本身可以建构一套思想体系，在《善恶的彼岸》的序言中他指出许多以教条原则建构哲学体系的思想家带有的往往只是普遍的偏见罢了（例如灵魂的概念）。不过尼采也有一些带有建设性色彩的概念例如超人说以及永恒轮回，尼采认为超人是人类以及个人可以靠着自己力量达成的目标。
尼采的著作
《悲剧的诞生》
尼采在1872年出版他的第一本书《悲剧的诞生：源于音乐的灵魂》（Die Geburt der Trag?die aus dem Geiste der Musik），在1886年则改以《悲剧的诞生：希腊文化和悲观主义》（Die Geburt der Trag?die, Oder: Griechentum und Pessimismus）为名重新出版。第二版包含序言—“自我批判的尝试”，之中尼采对他的这本早期作品做了一些评论和检讨。
与启蒙时期传统中认为古希腊文明属于高贵、单纯、优雅而宏伟的看法不同的是，尼采将古希腊文明描述为两种独特派系的不断斗争——阿波罗派与狄俄倪索斯派。阿波罗在尼采来看属于principium individuationis（原则上的个人主义），带着其优雅、冷静、以及对于外表美观的重视，人得以立刻将其自身与朴实的自然界区隔开来。而狄俄倪索斯则代表酒醉、非理性、以及无人性，尼采在这里也显示他受到叔本华提出的非理性成分主导人类创造力的概念所影响。尼采描述在苏格拉底之后阿波罗派如何支配了西方文明的思想，并且提出德国浪漫主义（尤其以理察·瓦格纳为代表）作为复兴狄俄倪索斯派的可能方式，以挽救欧洲的文化。
《悲剧的诞生》刚发表时受到古典文字学家乌尔里希·冯·维拉莫维茨-默伦多夫等人的激烈批评。1886年尼采也对这本书抱持保留态度，将其称为“一本难以忍受的书…写的很糟糕、沉闷、让人难堪、疯狂。”
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