八旗以外的汉族百姓同样惨遭天花蹂躏。当时来华的西洋传教士Ｄyer．Ｂall记录了山西疫区的惨况：由于没有有效的治疗方法，百分之五十到六十的感染者只能坐以待毙。更可怕的是，气候温和的南方地区是天花病毒的温床，汉人都视其为瘴疠之地，畏痘如虎的满族人哪里敢去统治？
康熙认识到，天花已经成为清朝统治的严重威胁，必须积极应对。康熙在太医院下专门设痘诊科，广征名医，在北京城内设专门的“查痘章京”，负责八旗防痘事宜。他还兴建了历史上最有名的避痘所——承德避暑山庄，作为皇族幼童专门的庇护地。康熙十七年，皇太子胤礽出痘，当时正值吴三桂等三藩叛乱的紧要时刻，但康熙为护理太子，竟然连续12天没有批阅奏章。
太子出痘期间，候选知县傅为格照料有功，被提升为武昌通判。两年后他奉召进了京。这个傅为格，后来成了防治天花史册上的一个关键人物。
傅为格懂得种痘之术——这正是当时一种先进的天花治疗方法。这种起源于南方的民间种痘法，又叫吹鼻种痘法，最早起源于明朝隆庆年间，一般有两种方式，一种叫旱苗法，一种叫水苗法。所谓旱苗法，就是把天花患者的痘痂取下磨成细末，加冰片、樟脑吹入种痘者鼻中；水苗法则是把患者痘痂用人奶或水稀释，植入种痘者鼻中。种痘法使种痘者轻微染上天花症状，然后出天花，再通过中医精心护理，使他们安全经过天花期，种痘者就会对天花有了免疫力。
尽管这种“种痘法”并不能保证百分之百的成功，甚至可能导致病人死亡，但康熙仍然命傅为格在皇子们中开始了种痘试验。从此，皇子种痘防天花也作为制度正式确立下来。
由于种痘，自康熙二十年以后出生的20位皇子有17位健康长大——而此前的15位皇子长大成年的仅有7位。
随着种痘法在宫中的成功，康熙帝开始了大规模地推行天花预防工作，把它从宫中推广到八旗百姓，直至漠南、漠北、蒙古大草原等北方边境。
此后的一百多年，宫中很少再传出关于天花的消息。满族人四处避痘的仓惶日子暂告一段落。
“战痘”的成功，开创了清朝的鼎盛时代。从1661年到1697年短短30多年，心无旁骛的康熙相继平三藩、收台湾、抗沙俄、平定噶尔丹，稳定了清王朝在中国的统治。
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