天京攻陷后，曾国藩向朝廷奏报克复金陵，所有悍贼被一网打尽，并特别指出，城破后，伪幼主积薪于宫中，举火自焚。这就凸现了曾国藩对太平军有攻克全功。不想左宗棠也上一折，称据金陵逃出难民供出，伪幼主洪天贵福于同治六月二十一日由东坝逃至广德，被太平军将领黄文金迎入湖州府城，想借伪幼主名号，召集太平军余众。清政府看到左宗棠奏报后，对曾国藩大为不满。曾国藩平生自认为以诚信为本，假如按左宗棠所言，则无异于欺君罔上。于是曾国藩上折反驳左宗棠，称洪天贵福可能已死，而黄文金为纠合太平军余众伪称尚存，这是古来常有之事等。言外之意，左宗棠虚张声势，不过是邀功请赏。左宗棠看到此奏后，又上书为自己辩解，对曾国藩言词激烈，口诛笔伐。至此，曾左二人的关系已不可挽回，十几年的交情为了各自的名利而付诸东流。
另一种观点则认为，历史上曾国藩左宗棠不和是一种假象，它是在那个特定的时代背景下，由曾国藩，左宗棠合力制造的，为保全汉地主利益，缓和满汉矛盾的计谋。它使得曾国藩左宗棠等湘军将领有了善终，迷惑了满清贵族，为以后汉人逐步掌握清中央实权打下了基础。坚持这一说法的学者指出，清朝是由满人建立起来的，最高统治者是满洲贵族。清军入关之后，一方面他们需要笼络汉族地主阶级为其统治服务;另一方面也对汉官僚、士大夫、地主始终抱有极大的戒心，害怕他们会挤垮自己的统治。从清军入关到太平天国起义前，中央的军机大臣、内阁学士、六部尚书等虽然规定满、汉各半，但实权完全操在满官手中，汉官多是副职，形同虚设。而在镇压太平军问题上同样如此，把满族官僚率领的嫡系部队集中在天京附近，建立江南、江北大营。其如意算盘是，只要各省团练在外围击溃太平军主力，江南、江北大营便可就近攻取天京，建立首功，保持清中央的威信。
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