当初，徐道覆暗地准备制造船只，便派人到南康山砍伐可以制造船只的木材，谎称要到下游城中贩卖。后来，徐道覆说劳力少无法运到下游，便在始兴廉价出售，价格比市面上低好几倍，居民们贪图便宜，卖掉衣物而争相购买木材。赣江水流急而且多石，出船很难，木材都储存在当地。因而这样许多回，百姓的船板积存得极多，百姓却没有任何怀疑。徐道覆举事起兵后，根据卖木材的收据一一索取，不准隐藏不报，雇用许多人拼装战船，十多天便完成。卢循从始兴出发进犯长沙，徐道覆进犯南康、庐陵、豫章诸郡，这些地方的官员都放弃职守逃跑。东晋安成公、镇南将军何无忌从寻阳带兵出发迎击卢循。三月二十日，何无忌与徐道覆的军队在豫章遭遇，何无忌兵败阵亡。
不久，卢循向北方进犯，派徐道覆进攻寻阳(一说江陵)，自己准备攻打湘中地区各郡。荆州刺史刘道规派遣部队迎战他们，在长沙战败。卢循开进到巴陵，打算直奔江陵。徐道覆听说刘毅就要攻来，派信使飞马报告卢循说：“刘毅的军队很强大，我们的成功失败，关键就在这次战斗，所以，应该同心协力把他打败。如果这次能够取得胜利，那么江陵就不值得担忧。”卢循当天便从巴陵出发，与徐道覆的兵力会合，然后顺流而下，兵卒十万，战舰数以千计。
五月初七日，卢循与刘毅在桑落州摆开战场，将刘毅的军队打得大败，一直打到江宁。刘毅扔掉船只，只带着几百名下属步行逃走，剩下的士兵全部被卢循俘虏。他们丢弃的军事物质堆成小山。当初，卢循抵达寻阳时，听说刘裕已经北伐回师，还有些不相信。击败刘毅的军队后，才从俘虏的口中得到证实，他和他的党羽们互相对看着面色大变。卢循打算退回到寻阳，攻克江陵，占据这两个州来和朝廷对抗。徐道覆很有胆略和决断力，打算与敌军拼死一战，于是对卢循说应该乘胜直接进攻，并且坚持自己的观点。卢循犹豫好几天，才依从他的建议。
五月十四日，卢循大军抵达秦淮河口，东晋朝廷都城内外戒严。徐道覆请求从新亭进军白石，然后烧掉战船登陆，分几路进攻刘裕。卢循多智谋而少决断，打算以尽可能保险为目的，便对徐道覆说：“我们的大军还没有到，只听见一些风声孟昶便被吓得自杀，根据大趋势来说。敌人自会在几天内崩溃散乱。现在，决定胜负也就是一个早上的事，一味凭侥幸在战场投机取利，既不是一定能战胜敌人的办法，还可能损伤我的士卒，我看不如按兵不动，等他们上来。”徐道覆因为卢循疑心太重而缺决断，于是叹息道：“我终将被卢公耽误，事情一定不会成功。如果我能有幸为一位英雄卖命奔波的话，天下早就平定。”
刘裕害怕卢循发动突然袭击，所以采用虞丘进的建议，砍伐树木在石头城和秦淮河口等地全部立起栅栏。卢循把伏兵布置在秦淮口南岸，命令一些老弱将士坐船向白石进发，并声称全部大军准备从白石登岸作战。刘裕留下参军沈林子、徐赤特戍守南岸，切断通往查浦(一作祖浦)的交通，命令他们坚守阵地，不要轻举妄动。刘裕和刘毅、诸葛长民等向北出兵迎击卢循军。
五月二十九日，卢循火烧查浦，进兵到张侯桥，以伏兵大败徐赤特，徐赤特乘船逃往秦淮河北岸。沈林子、刘钟据守栅栏奋力作战，朱龄石亦率援军赶来相救，卢循军才撤退。卢循带着一支精锐部队急进，到达丹阳郡。卢循不久因攻打栅栏失利，战舰遭暴风吹翻，死者众多。在南岸列阵交战，再次大败。
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