大理王向宋朝称臣纳贡，其首领先后被宋朝封为云南八国郡王、大理王等，公元1253年，忽必烈远征云南，灭大理国。
元朝时期，在云南设立行中书省，云南正式成为全国省级行政区划名称。
明朝时期，朱元璋派大将傅友德、沐英率军队攻占云南，灭元朝梁王，此后，沐英负责镇守云南，明朝在云南设承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司。
明朝末年，南明永历皇帝一度逃亡入滇，昆明称滇都，继续抗击清军。
清朝时期，吴三桂杀南明永历帝于昆明，晋封为平西亲王，不久三藩之乱爆发，吴三桂在衡州(今衡阳市)登基为皇帝，国号大周，三藩之乱最后失败。
清朝时期大量移民入滇，并推行改土归流，边疆部分地区仍保留土司制度。
1911年，滇军将领蔡锷、唐继尧发动了昆明起义，推翻了清王朝在云南的统治。
民国时期，唐继尧主政云南14年，接着龙云主政云南18年。
1949年12月9日，卢汉率部在昆明起义，1950年2月24日，云南解放。
截至2020年初，云南省辖8个地级市、8个自治州，17个市辖区、17个县级市、66个县、29个民族自治县。
分别为昆明市、曲靖市、玉溪市、昭通市、保山市、丽江市、普洱市、临沧市、德宏傣族景颇族自治州、怒江傈僳族自治州、迪庆藏族自治州、大理白族自治州、楚雄彝族自治州、红河哈尼族彝族自治州、文山壮族苗族自治州、西双版纳傣族自治州。
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