很快，老太监牛玉被锦衣卫下狱。老迈的牛玉经受不起严刑拷打，屈打成招，在授意下编了一个弥天谎言：“当初英宗中意的太子妃人选乃是王氏，吴氏的父亲吴俊行贿于我，给了我一大笔银钱，我才假传先皇遗旨，使吴氏得以正位中宫。”
宪宗得到牛玉的口供，拿给钱太后和周太后看，要求废掉吴皇后。钱太后大感意外，知道其中另有玄机，不同意废后。周太后一贯嫉妒英宗皇帝生前对钱太后的爱重，现在更要显示自己在后宫的权威，偏偏要跟钱太后唱反调，表态支持儿子废后。钱太后无奈，只好向宪宗母子妥协。
宪宗得知周太后同意废后，为怕夜长梦多，当即连下了三道诏书向天下宣布废黜皇后：“先帝为朕简求贤淑，已定王氏，育于别宫待期。太监牛玉辄以选退吴氏于太后前复选。册立礼成之后，朕见举动轻佻，礼度率略，德不称位，因察其实，始知非预立者。用是不得已，请命太后，废吴氏别宫。”
可怜的吴氏只做了一个月的皇后，就被万氏从中宫踢了出来，天大的委屈也无法向人倾诉。十六岁的她不得不在凄冷的西宫打发余生。
抚养孝宗
吴氏被废黜以后，宪宗被迫改册王氏为皇后。成化二年(1465年)，三十七岁的万氏生下皇长子，从宫女被册为贵妃，得以专宠。而万贵妃所生长子不久就夭折了，再也无法生育。为保住自己的地位，此后所有怀孕的妃子或宫女都被万贵妃逼迫堕胎。成化五年四月(1469年)柏贤妃偷偷生下皇次子朱祐极，成化七年(1471年)立为皇太子，次年正月就暴死，众人皆认为是被万贵妃毒杀的。
成化六年(1470年)七月，宫女纪氏(追尊孝穆皇后)在冷宫安乐堂偷偷生下皇三子朱祐樘。纪氏害怕皇子被害，在太监张敏的帮助下，瞒过万贵妃的耳目偷偷哺养。吴废后的居所离安乐堂很近，知道这件事后也往来帮忙，躲在冷宫的夹墙中偷偷养育。这个孩子在太监首领怀恩等人的隐瞒下活了下来，就是日后的明孝宗。而宪宗和万贵妃一直不知道。
成化十一年(1475年)宪宗始知自己有了儿子，大喜之下将朱祐樘立为皇太子，纪氏也被放出冷宫册为淑妃，但数日后被万贵妃害死，张敏也在恐惧中吞金自杀。吴废后养育皇子之事则被隐瞒下来，所以吴氏没有再遭到万贵妃进一步的迫害，得以在冷宫默默度日。
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