但是，万年冰洞内的冰并没有减少的迹象，反而每年都会有新的冰生出来。
有的学者则认为，冰洞下面存在着某种神秘的制冰机制，正是这种制冷机制导致洞内常年保持负温，冰得以形成。更有人甚至根据地热增温率的反向思维，提出地热负异常说，认为由于某种特殊原因，地热增温率可能被逆反，BP在一定程度上，地层随着下降，地温不升反降，导致了洞内的负温。
然而，这些推论缺乏确凿的科学依据加以证实。因为谁也不可能将万年冰洞的底部挖开一探究竟，这样很可能导致万年冰洞永远消失。
中国科学院地质研究所的陈诗才认为，万年冰洞形成原因主要取决于其自身的特殊构造。根据测量，万年冰洞呈倾斜向上的口袋状，肚大口小，这使得洞内和洞外的空气难以对流，从而使得洞内的负温得以保持。
尽管这些解释听起来非常符合逻辑，但还是有人提出疑问。宁武地区盛产煤炭，当地有废弃的矿井，也是肚大口小，空气难以对流，而且地质地貌与万年冰洞也非常相似，深度也远远超过万年冰洞。
但为什么这些矿井深处却不结冰，唯独这个冰洞内常年积冰不化呢?对此，中国学术界至今仍然争议不断，没人能给出有说服力的解释。
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