此后，尝到胜利果实的日本人变本加厉，在1275年和1279年两次将忽必烈的使臣杜世忠、周福等斩杀。蒙古贵族上层对日本人的这种行动非常生气，忽必烈为了维护自己的权威，于1281年决定第二次出兵讨伐日本。
这一次，忽必烈率领着14万人，指挥着3千艘战舰。兵分两路，第二次入侵日本。主力江南军约十万人从泉州港出发，但因种种原因直到七月才抵达日本海岸，而东路军约5万人则循旧路再次登陆北九州。兵分力散的元军因为受到日本沿海防御工事的阻碍，寻找登陆点更花费了很多时间。登陆后，又遭到早已有备、装备训练都得到很大提高的日军的截击。伤亡较大，加上疫病横行，元军前进速度比较缓慢。但其实力还是在日本之上的，攻下日本只是时间问题。
忽必烈是成吉思汗的孙子，他建立了由蒙古人统治的元朝。忽必烈也继承了他先人的政治和军事遗产，占领并管理着从亚得里亚海直至中国的庞大帝国。不过忽必烈的一生中也并非战无不胜，他两次攻打日本失败，劳民伤财，不仅耗费大量金钱，还无端葬送了好几万人的性命。
忽必烈攻打日本其实并不是为了占领其领土，而是为了一种政治目的。因为日本自唐朝最后一代遣唐使之后，已经有数百年没有向中国进贡了，如果这时候日本人能向忽必烈表示臣服，自然有助于增加元帝国在汉人心中的权威性。可偏偏这时候日本人跟南宋的关系搞得很好，就是不理元帝国，甚至还支持南宋政府对抗元朝。这让忽必烈很头疼。
但毕竟日本不是宋朝，也不是欧亚大陆上的地些国家，日本与元朝隔着大海，蒙古铁骑再厉害也没有办法在茫茫大海上驰骋。所以忽必烈一开始也没有想真打，他只是想凭着自己在欧亚战场上的威名，让日本人给他一点面子，派个使节到元朝去意思一下。
谁知道日本人根本不给忽必烈面子，连续派两次大使去日本劝说都毫无所获。忽必烈不死心，在已经决定进攻日本之前还派了使臣去日本，没想到这次日本更绝，竟然把元朝的使臣都给杀了。
事情到了这个地步，不打都没有办法向人民群众交待了。
于是，1274年11月，忽必烈派遣了一支由蒙古人、汉人、女真人组成的15000人的军队和6000至8000的高丽士兵，由大约7000名高丽水手引导，从合浦(在现在的韩国釜山附近)出发开往日本。蒙古军分乘300艘大船和400到500艘小船，向日本方面驶去，首先遭到攻击的是日本与朝鲜半岛间的门户对马岛。农历十月初三，元军从朝鲜半岛的合浦，即今镇海湾马山浦悄然出击，六日凌晨突然出现，成功登陆对马岛。元军全歼岛上日守军，攻占对马岛。接着，于十四日发动对壹岐岛的攻击，战火开始烧近日本本土。十六、十七两日，元军开始攻击日本本土，在九州松浦、平户等地进行多点袭扰性登陆。二十日，这次战役中两军最大的决战在博多湾发生。此一战，十万日军全军崩溃，放弃博多等地，逃往北九州的首府太宰府。
但是接下来发生了一场灾难性事件阻止了元朝军队的前进。
这是一场恐怖的台风，元朝有一半以上的舰队在这次风暴中沉没。因此元军对日本的第一次入侵以重大灾难结束。一共有1万5千多元军在这场灾难中丧生或失踪。
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