清政府官员及英美领事
古田教案发生后，英国首先发表了强烈谴责。英国方面要求清政府将古田县杀害传教士的凶手严厉惩办，并请清政府极力保护外国传教士的在华安全。
由于英、美领事在交涉中无理挟制和一些荒唐的要求，清政府一共处决了25人，外加20人遭到了严惩。新任英使又要求清政府对一些曾参与教案的民众严加调查。因为这个原因，关于古田教案的议赔事宜一直未能解决。
即将被处死的“古田教案”参与者
后来，英国政府认为古田教案将会对中英关系产生不良影响，于是指示驻华大使迅速结案。光绪二十二年(1896年)五月初三，英使照会总理衙门：“兹准本国外务大臣来电，以该教会不肯受赔等因，准此，相应照会贵大臣查照，此案即可了结矣。”
奇怪的是，这次结案并不像之前列强所作的那样，要赔钱了事。《南京条约》中约定赔款2100万。《辛丑条约》中约定，中国从海关银等关税中拿出4亿5千万两白银赔偿各国，并以各国货币汇率结算，按4%的年息，分39年还清。
“古田教案”参与者被处死
可能是英国人怕夜长梦多，所以才暂时收手。至此，古田教案这一义和团起义前最严重的教案结束，而它也成为了福建教案史上罕见的、造成重大损失而没有经济赔偿的教案。
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