崇德八年八月二十六日，其子福临即位，改年号为“顺治”，31岁的庄妃被尊为孝庄皇太后。因皇太极谥号称文皇帝，故又称孝庄文皇太后。从此，孝庄皇太后走上了政治舞台，凸显出女政治家的智慧和才能。明崇祯十六年（1643年），李自成领导的农民起义军攻陷燕京（今北京），崇祯帝自缢，明朝灭亡。消息传到盛京，孝庄皇太后当机立断，建议摄政王多尔衮率领大清所有兵马大举入关，问鼎中原，实现清太祖努尔哈赤和清太宗皇太极的遗愿。她告诫多尔衮，入关后要严明军纪，笼络民心，胜利后迁都北京，稳定中原。多尔衮率清军与明降将吴三桂合兵剿灭李自成义军，很快占领北京。
顺治元年（1644年）十月十九日，孝庄皇太后带着福临偕文武百官，离开盛京，在王公、群臣的跪拜下，进入紫禁城，入居慈宁宫。她倾心培养福临当好大清入主中原后的第一位皇帝。她以“独嗜图史”的文化素养，精心抚育小皇帝。她选择最有学问的满汉大臣作福临的老师，“令翰林官直宿备顾问，经书史册，手不释卷”。福临每到后宫向太后问安，均长跪受教。她说服小皇帝对多尔衮入主中原之功封为“皇叔父摄政王”。
但是多尔衮权倾朝野，排挤异己，结党擅权，并有废帝自立的野心。孝庄皇太后认识到一旦政变，不但孤儿寡母的性命难保，而且大清江山也可能断送在八旗内乱中。她上下周旋，有进有退，委曲求全，理智地处理与多尔衮的关系。顺治五年（1648年）十二月，她建议顺治帝尊多尔衮为“皇父摄政王”，顺治帝下诏加封，从而成功地保护了幼帝，使多尔衮的图谋没有得逞。有关“孝庄皇后和多尔衮为夫妻”之说，清代史书并无明确记载。顺治七年（1650年），多尔衮病逝。为笼络多尔衮两白旗的势力，太后安排顺治帝率诸王、贝勒、文武大臣身披重孝在东直门5里之外，迎接多尔衮的灵柩。6天后，顺治帝追封多尔衮“诚敬义皇帝”，庙号“成宗”。
为了使清朝得到汉族官吏的支持，顺治九年（1652年），孝庄皇太后把为清朝战死的汉族定南王孔有德的女儿孔四贞留在身边，加封为和硕格格；太后还敢于冲破满汉不通婚的祖制，于顺治十年（1653年），将皇太极的十四女和硕恪纯公主下嫁吴三桂之子吴应熊。此举使绝大多数汉军将领效忠清廷，也有助于以后康熙平“三藩之乱”的胜利。
顺治十八年(1661年)，顺治帝患痘病卧床不起，谁来继承皇位刻不容缓，顺治帝考虑因为皇子年少，准备立皇弟。太后听取了在清廷任职的德国人汤若望提出“因玄烨出过天花，有免疫力，适合继位”的谏言，深思熟虑后，坚持立皇三子玄烨。经太后的极力推荐，顺治帝依从了母后，立诏由皇三子玄烨继位，为清朝选定了一位明君。
康熙二十一年（1682）春，皇帝出巡盛京，沿途几乎每天派人驰书问候起居，报告自己行踪，并且把自己在河里捕抓的鲢鱼、鲫鱼脂封，派人送京给老祖母尝鲜；二十二年（1683）秋，康熙陪祖母巡幸五台山，一到上坡地方，皇帝每每下轿，亲自为祖母扶辇保护。
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