关于此尊千年肉身之来历，有这样一个传说，这传说与噶当教法的始祖阿底峡尊者有关：1042年，阿底峡尊者从印度被迎请至西藏传法。三年后，阿底峡尊者前往卫藏地区，当阿底峡尊者来到拉萨附近的一河边时，有一位少女遇到了阿底峡尊者，当时这少女就心生敬仰之情，于是把身上所有的金银装饰全都取了下来，作为供养物敬献给阿底峡尊者。
可是当这位虔诚的少女回到家，当她的父母得知女儿的贵重饰物都供养给了一位素不相识的僧人时，立即非常恼怒，气得毒打了她一顿。在那个年代，苯教还是很盛行的，当时这位少女却立志弘扬佛法，要供养僧人。
于是这位被视为另类的少女就被村民当作妖孽投入到了河水中，可少女却一直都浮在水面，村民见其投水也不死，就深感恐惧，就把她封于山上的岩洞之中。
此时，伟大的阿底峡尊者以神通显现少女为吉祥天母投生的情景，人们才醒悟到她是吉祥天母为护持西藏佛教而作的特别示现，遂建寺供养少女的肉身，就是现在我们能看见的这尊肉身像。
至今头发仍在生长
而吉祥天母肉身像在文革中几乎毁于一旦。当时她和其他的铜、铁等佛像被混放于大昭寺的一间暗室中，直至三中全会后宗教信仰自由恢复，她才得重见天日，但颈部关节受损，头变得下垂歪斜，原来白色的皮肤变成褐色，睁着的双眼变成微闭。所幸身体其余部分未遭破坏。据介绍，在移动该像时，其关节仍是柔软的，至今头发仍在生长。
在藏传佛教中，吉祥天母颇受崇奉，影响深远。据说，公元7世纪时，藏王松赞干布在拉萨建大昭寺时，请她作大昭寺的护法。大昭寺的神殿里至今供奉着她的神像。后来她又升格为拉萨城的保护神。由于她护法有功，拉萨地区还形成了专门纪念她的节日——白拉日珠节(意为吉祥天母游幻节日)。
这个节日于每年十月十五日举行。届时，喇嘛们从大昭寺抬出吉祥天母像，游巡市中，当来到南城时，总要将神像转身与拉萨河南岸的赤尊赞庙遥遥相视一会。据说赤尊赞原是她的丈夫，开始也住在大昭寺，后被她赶出，住在拉萨河南岸，做了地方保护神。他们每年相会一次，以表思念和好之意。
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