抗日和文革，湖里兴许埋骨无数
王国维
1937 年抗日战争开始后，作为校长的司徒雷登在校内升起美国国旗，以保全燕京大学。最初日本对此还颇为忌惮，不过1941年美日爆发太平洋战争后，日本宪兵队还是占领了燕大，并将师生驱逐出了校园。
此后四年内，日军在里面开展了不少类似于731部队细菌实验的非人道实验，上文提到的某教学楼地下室掩埋了数千具 “马路大”的灵异故事就出自此时期。假如日军在1941年至1945年间，真的在北大进行过人体实验，那么，未名湖则绝对是一个理想的抛尸场所。
新中国成立以后，1952年，燕京大学被撤销，原来燕大的校舍变成了北大。在1966年开始的那场运动中，北大成了重灾区。不少教授“或选择服毒，或选择上吊，或选择在未名湖自溺，或选择跳楼……”
自由作者庄沐阳在他的一篇名为《未名湖水怪》的文章内，塑造了一个老人角色，这位老人自称“在文革的时候是北大学生，批斗了自己的教授，结果教授当着他的面跳下了未名湖”。
虽然这篇文章是虚构的，但是，文革期间，不少受迫害的北大教授选择投湖自尽，却是不争的事实。
最初一版北京大学范围图并不包含未名湖顺带一提，大家都以为是在未名湖自尽的老舍先生其实并不是于未名湖投湖，而是在太平湖投湖的，跟前面提到的王国维一样，也是个误会。
那一道让未名湖投湖传闻名声大噪的神秘笛声，文革结束后，北大的教学又慢慢开始回到正轨。当代关于未名湖的传闻，因为一丝笛声而添上了几分神秘。
2009 年，作家石一枫的小说《红旗下的果儿》出版，其中有一段关于投湖的描述。故事里的人物陈木是个经常自杀的抑郁文艺女青年，在曾经十几次割腕自杀未遂后，她来到未名湖畔想投湖自尽。
跳湖前，一个神秘的男子在湖边吹着笛子，笛声响彻湖畔，听到动心处陈木就跳下水了。此时，这个神秘男子停止了笛声，欲下去救人，却没想到斜刺里杀出一个八十多岁的老人，跳下水去一把把陈木拉了上来。
被认为在未名湖投湖自尽的老舍先生
小说出版一个月以后，网上各大论坛都出现了一篇名为《北大未名湖不可思议传闻：当年那著名的杀人笛声在哪里?》的帖子，发帖人自称是北大学生，疑似1998 年至2002年在读，在帖文中，他引用了一些描述和猜测。
对《红旗下的果儿》里面关于陈木投湖事件的真实性作出了肯定。而作者石一枫本人也提到当时写下《红旗下的果儿》，“就是想要记录一些现实”，情况变得更加扑朔迷离。
除此之外，帖文中还提到了其他相关的传闻。比如某日一女校友在校园内遭强.奸，校方为了平息事件，和这女孩达成了某种协议，要求她对警察和媒体守口如瓶。可校方最终却似乎没有兑现承诺，致使女孩选择自杀。
跳湖前为了招人前来观看，女孩吹了一首笛子曲。不久后，她远在异乡的男友前来湖畔吊唁痛哭，居然听到了女孩临死所吹的曲子。女孩的魂魄从湖中出现，告诉他只要每年在忌日吹这首曲子，就可以见到她。于是每年的某个日子，北大未名湖畔都会响起这首曲子。
还有一种说法：北大某寝楼在建设时曾发生斗殴事件，其中某人被当场打死，被其他人埋进了寝楼的墙壁里。据称，死者被埋进墙壁的时候手里死死抓着一根笛子。多年以后，某学生在墙壁的裂缝里发现了这根笛子，从此性情大变。
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