“在上帝面前，我要诚实地告诉你，你的儿子是我所认识或知道的最伟大的作曲家，他有最好的作曲学问，也很有品味。”
莫扎特对海顿的描述：
“只有他具备了能使我欢笑并且深入我心灵的秘密。”
年莫扎特20岁，并决定离开萨尔茨堡，然而亲王大主教拒绝让他离开父亲并要解除他乐队首席的身份。经过一年的准备，他和母亲先到了巴伐利亚公国慕尼黑，但并未找到工作，又经奥格斯堡帝国利伯维尔辗转到了普法尔茨伯国曼海姆建立为数不少音乐界的友谊。不过他寻求工作的脚步依然无所进展。同样在曼海姆，他疯狂地爱上了女高音歌手阿罗伊齐亚·韦伯尔，这引发了他父亲的怒火，他要求他不要忘记了自己的事业。负债累累后，莫扎特明白了他必须重新寻找工作，并于1778年8月前往巴黎。
他希望能够从梅勒西奥·格林处得到支援（他曾负责他七岁时的巡回演出），未果。在巴黎他写作了《第31交响曲（巴黎）》。但是他没有找到工作，在危机中的法国他甚至难以找到人为他的作品付钱。他母亲在这段期间不幸病倒，并于7月3日离开人世。莫扎特只好返回故乡。途中经过韦伯尔一家生活的慕尼黑，但阿罗伊齐亚爱上了另一位歌剧导演，沮丧的莫扎特在1779年1月29日回到了萨尔茨堡。他的父亲已说服亲王大主教重新聘用他。
博洛尼亚的莫扎特由一位无名画家成画于于1777年萨尔茨堡，是博洛尼亚的马蒂尼神父为他的作曲家肖像画廊而订购的。这幅肖像现存于博洛尼亚市音乐博物馆。关于这幅肖像，列奥波尔德·莫扎特在1777年12月22日一封致马蒂尼神父的信中写道：“这件作品艺术创作的价值不怎么吸引人，但以相似度的观点来说我向你保证，它很完美。”
年11月，他从慕尼黑收到一份歌剧的请求，这个创作名为《依多美尼欧，克里特之王》，在1781年1月29日首演时获得了巨大的成功。但回到萨尔茨堡，便意味着莫扎特必须顺从维也纳的雇主，在那儿，亲王大主教解雇莫扎特之前甚至还经常公开地以“饭桶、废物”揶揄他。莫扎特后来便以独立作曲家的身份进驻奥地利首都，并接受韦伯尔女士的补助款。
维也纳（1782年—1791年）
独立
少了他父亲和雇主的牵制管束，莫扎特终于能够更自由地作曲。1782年，神圣罗马帝国皇帝约瑟夫二世（兼奥地利大公）要求他完成一部歌剧。这就是后来的《后宫诱逃》（德语：Die Entführung aus dem Serail），使维也纳作曲家兼公众音乐会指挥克里斯托夫·维利巴尔德·冯·格鲁克非常感动，并对莫扎特赞誉有加。
莫扎特认识了Franz Fridolin Weber及其夫人C?cilia Cordula的小女儿，康丝坦兹（Constanze），但未等到父亲书面同意，便决定与她共结连理。婚礼于1782年8月4日Saint-tienne教堂举行。
后来，由于受到von Svieten 男爵的影响，莫扎特开始认识巴赫和亨德尔的作品。莫扎特受到巴赫对位法的强烈吸引，进而直接影响后来《c小调大弥撒》以及数首相关作品。同一年，他开始谱曲一系列的六首弦乐四重奏献给海顿，并于1785年结束这一系列的创作。
年，莫扎特加入共济会，并迅速地晋升为会长（1785年4月）。他创作许多作品献给共济会弟兄，其中有《Maurerische Trauermusik》（共济会葬礼音乐）。
年，莫扎特认识了剧本作者洛伦佐·达·彭特，维也纳剧场的官方诗人。后者说服了皇帝批准创作一部基于博马舍的《费加洛婚礼》（意大利文：Le Nozze Di Figaro）的歌词。但后来皇帝认为该剧具颠覆性，禁止其上演。莫扎特将达·彭特的歌词配上音乐，《费加洛婚礼》于1786年5月1日在维也纳展开首演，但该剧的成功并不能阻止其海报被迅速撤下。然后莫扎特便前往了布拉格，在那儿这个“婚礼”又成功博得满堂采。为了对这个城市致意，他写了《D大调第三十八号交响曲 K. 504》、《布拉格交响曲》献给这温暖的小城。
他随后收到布拉格剧院指挥的要求，希望他能够为接下来的一季再写一出歌剧。莫扎特再次请达·彭特填写《唐·乔望尼》（Don Giovanni）的歌词。1787年5月28日他父亲列奥波尔德过世。这个噩耗严重打击了莫扎特，并接着影响他正在进行的歌剧的创作。首演于1787年10月28日布拉格的《唐·乔望尼》一炮而红，但后来在维也纳并没有获得同样的成功。
困病交加，英年早逝
在生命最后几年间，莫扎特身体欠佳，尽管有不少酬金丰沛的成就，却越加陷入拮据的窘境。他创作许多的奏鸣曲、协奏曲、交响曲、歌剧（例如《女人皆如此》（Così Fan Tutte，他最后的与Lorenzo da Ponte合作的作品）。1790年时值约瑟夫二世驾崩（他的继位人利奥波德二世既不喜欢莫扎特，也对共济会不怀好感），当时他的好友交响乐之父海顿也去了伦敦，使得这段时间的莫扎特意志格外消沉。
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