卧龙自然保护区的水系呈相对独立状态，各主要河流及其支流均发源于保护区内，呈树叉状分支，并自西向东流出保护区，河流量及水质完全取决于区内的自然条件和人为活动影响。
卧龙自然保护区的土壤发育条件多变，受气候与植被的垂直变化影响，从河谷到山顶，形成了从亚热带到冰缘环境的各种土壤类型。
卧龙自然保护区森林覆盖面积达11.8万公顷，约占保护区总面积的56.7%，灌丛草甸覆盖面积约3.04万公顷，复杂多变的自然条件造成了植物种类与群落的多样性。
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