回到厦门的郑经却面临被孤立和亲信背叛的危机：一方面迁界令使厦门失去物资和情报的来源;另一方面，堂叔郑泰因立场不同，被郑经幽禁后自杀，郑泰的弟弟郑鸣骏和儿子郑缵绪因而带着8000士兵及100艘船，向清将领耿继茂投降;第二年，原本支持郑经的海军都督周全斌、提督黄廷也投降满清。
郑泰事件发生后，郑经被施琅和荷兰的联合部队打败，撤出金门和厦门，退守到漳州沿岸的小岛铜山，他的部属大多投降了清政府。1664年3月，郑经终于放弃福建沿海岛屿，撤退到台湾，为保有政权的合法地位并维系郑成功旧部属的向心力，继续尊奉南明桂王的永历年号。
千字文有言“犹子比儿”，百川直译为“就像他们亲子女”。郑成功虽然在攻下台湾的同一年逝世，但继位的郑经与郑克?持续统治台湾21年，并在陈永华的规划之下，引进中国明制的宫室、庙宇和各种典章制度，奠定了台湾在日后成为一个以汉民族文化为主的社会，而不仅仅是另一个海外华埠。因此有学者形容郑成功 “决定台湾后来四百年命运”。
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