吴澄终生治经，孜孜不倦，从年轻时校订“五经”，到中年又“采拾群言”，“以己意论断”，再“条加记叙”，并努力探索朱熹研究五经“未尽之意”，直至晚年方才修成《五经纂言》。除了《诗纂言》而外，其余《易纂言》《书纂言》《礼记纂言》《春秋纂言》四种以及《易纂言外翼》《仪礼逸经传》《孝经定本》《道德真经注》等书，均为《四库全书》所著录。黄宗羲在《宋元学案·草庐学案》中评赞曰：“朱子门人多习成说，深通经术者甚少。草庐《五经纂言》，有功经术，接武建阳(朱熹)，非北溪(陈淳，朱熹“高弟”之一)诸人可及也。”
的确如此，吴澄撰修《五经纂言》，在编次整理经文的同时，还特别对其内容从义理方面加以疏解，深入探讨其微言大义，发明张大朱熹之说。他摆脱了汉唐局限于文字训诂的治经方法，在五经研究上完成了由汉、唐的典制训诂转入宋元的义理疏注这一发展过程。毋庸置疑，这确是“朱子门人所不及”的经学成就。即使在元代，研究五经者虽然不乏其人，但唯有吴澄的成就最为显著。
朱熹的学说对吴澄影响很大。
吴澄与许衡同为元代名儒，当时号称“北有许衡，南有吴澄”。许衡主要是承传程、朱之学，而吴澄则主要是折衷朱、陆之学。《宋元学案·草庐学案》将吴澄列为“朱熹四传”、“象山私淑”。全祖望说：“草庐出于双峰(饶鲁)，固朱学也，其后亦兼主陆学”;“然草庐之著书，则终近乎朱”。(《宋元学案》卷92)吴澄，就其师授而言，当是朱学人物，所著《五经纂言》，也是“接武建阳(朱熹)”;但从其论学实际来看，吴澄又是元代“和会朱陆”的突出人物。对于朱、陆之学，他既看到了其相同的一面，也看到了其相异的一面，他企图解决朱、陆之间的矛盾，进而和会朱、陆。在理学上，吴澄确实谈了不少朱学的内容;但对于朱、陆的分歧，他又基本否定了朱熹的“道问学”论，而接受了陆学的本心论，提倡读书问学当以陆象山的“尊德性”为本，这在一定程度上克服了朱熹哲学方法与体系的矛盾。因此，草庐学说是折衷朱、陆的产物。
以下分别从道统论、天道观、心性说三个主要的方面，对吴澄的理学思想进行简要的论析。
道统论儒家道统说，始于唐代古文家韩愈。韩愈为了辟佛反老，特提出儒家圣人传道的道统。此说一倡，遂为后世儒家所祖述，道统也就成了儒学名流自谓得孔门心传、以抬高自己身价的工具。程颐、朱熹、陆九渊等人就是如此，吴澄则更有甚之。他19岁作《道统图》，便慨然以接武朱熹继承道统自任。对于道统，吴澄曾有这样的论述：
道之大原出于天，神圣继之。尧舜而上，道之元也;尧舜而下，其亨也;诛泅邹鲁，其利也;镰洛关闽，其贞也。分而言之，上古则羲皇其元，尧舜其亨，禹汤其利，文武周公其贞乎!中古之统，仲尼其元，颜曾其亨，子思其利，孟子其贞呼!近古之统，周子其元，程张其亨也，朱子其利也。孰为今日之贞乎?未之有也，然则可以终无所归哉?(《元史·吴澄传》)
从这段文字中，充分体现出吴澄道统论的几个主要观点：
其一，以天为道统之原。韩愈的道统始于尧舜，而吴澄则借用董仲舒“道之大原出于天”之说，视天为道统之原，尧舜继之。这显然反映了宋以来儒家的宇宙本体观念。
其二，高度重视宋代理学。吴澄根据《周易》的元、亨、利、贞排列，把道统的发展过程分为上古、中古。近古三个历史阶段，每一阶段又分为元、亨、利、贞四个小段;而特别把两宋理学排在儒学发展的“近古”阶段，亦即最后阶段，处于终结之“贞”的最高位置。这表明吴澄对于两宋理学的极端重视。
其三，一自我标榜为朱子传人。吴澄在《道统图》中，将近古理学阶段从周敦颐发展到朱熹，按序排列为元、亨、利，而处于终结的“贞”却有意留下一个空缺。显然，吴澄的本心是想以“贞”自任，从而跻身于宋儒诸子之列，成为朱熹之后道统的继承人。
天道观探讨太极、理、气的内涵及其相互关系，是理学的基本内容。吴澄的天道思想，主要包括自然观、太极与理气论。关于天、地、日、月和人、物的形成，吴澄认为皆本于“一气”。他曾经说过：
天地之初，混沌洪濛，清浊未判，莽莽荡荡，但一气尔。及其久也，其运转于外者，渐渐轻清，其凝聚于中者，渐渐重浊;轻清者积气成象而为天，重浊者积块成形而为地。天之成象者日月星辰也，地之成形者水火土石也。天包地外，旋绕不停，则地处天内，安静不动。天之旋绕，其气急劲，故地浮载其中，不陷不堕，歧伯所谓大气举之是也。天形正国如虚球，地隔其中，人物生于地上。地形正方如搏骰，日月星辰旋绕其外，自左而上，自上而右，自右而下，自下复左。(《吴文正公全集》卷1《原理》)
吴澄的所谓“气”具有实体性，是形成天地人物的质料。这种认识应当说具有一定的唯物论因素。
然而，吴澄并未把“气”作为宇宙的本原，而将宇宙本原另属之于“理”和太极。对于气与理的关系，吴澄认为：“自未有天地之前至既有天地之后，只是阴阳二气而已。本只是一气，分而言之则日阴阳，又就阴阳中细分之，则为五行，五行即二气，二气即一气。气之所以能如此者何也?以理为之主宰也。理者非别有一物在气中，只是为气之主宰者即是，无理外之气，亦无气外之理。”(《吴文正公全集》卷2《答人问性理》)吴澄认定理是气的主宰者，但它又寓于气中，理气不可分割。
关于理和太极的关系，吴澄则视理为太极，为精神本体。在他看来，天地生灭，人销物尽的变化反复，统统是由于“太极为之”。太极之所以能起到主宰宇宙的作用，是由于它本身包含的动静之理，能随“气机”之动静而动静。但太极本身又是“冲漠无朕，声息泯然”，“无增无减，无分无合”。可见，吴澄是把太极作为宇宙的本原，而太极本身却是一个寂然不动的绝对体，这种宇宙观无疑属于唯心主义的范畴。
再进一步，吴澄还把太极等同于天、帝、神、命、性、德、仁等范畴。按照他的解释，太极就其“全体自然”而言叫做天，就其“主宰造化”而言叫做帝，就其“妙用不测”而言叫做神，就其“赋与万物”而言叫做命，再就“物受以生”而言叫做性，得此性便叫做德，就其“具于心”而言叫做仁。如此一来，吴澄的所谓“太极”，不仅是宇宙的本体，是普照天地的万能神，而且它还具有道德的属性，是人生最高的理想和极则，也就是天理。
心性说人如何认识天理，并做到与之合一，这是理学家们研究的重要课题。朱熹是持之以格物，陆九渊是持之以本心，而吴澄则是“和会朱陆”，形成了自己的心性说。
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