刘巴到了交趾后，把姓氏改为张。后来又与交趾郡太守士燮意见不合，于是经由牂牁道进入益州，在刘璋手下任职。公元211年(建安十六年)，刘璋想请刘备进入益州以讨伐张鲁，派遣法正去迎接刘备。刘巴进谏到：“刘备勇力过人，让他进入益州必然会造成祸害，不能请他进来。”等到刘备进入益州后，刘巴又向刘璋进言道：“如果让刘备去讨伐张鲁，相当于将老虎放归山林。”但刘璋都没有听从刘巴的意见，刘巴唯有闭门称疾。后刘备果然兵发刘璋，夺取益州。公元214年(建安十九年)夏，刘璋败战投降，益州落入刘备之手。
终归雄主
刘备进围成都时，命令军中到：“如果有谁危害到刘巴，我将诛杀他三族。”刘备夺取益州后，刘巴向刘备谢罪认错，刘备展现出大度的气概，并没有责怪刘巴，而且为得到刘巴这样的人才而高兴。诸葛亮也多次称赞刘巴的才能，刘备任命刘巴为左将军西曹掾。
当初刘备与刘璋开战时，与众将士有约定：“如果大事能成，刘璋府库里的东西任你们拿去，我是不会干预的。”等到攻下成都时，将士们都扔下武器前去府库拿取宝物，致使军用不足，刘备非常担心。刘巴向刘备建议道：“此事很容易就能解决，只需铸造铸值百钱的铜板通行，统一物价，并实行公卖制度就可以了。”刘备听从了刘巴的建议，果然数月之间，府库得以充实。刘巴又与诸葛亮、法正、李严、伊籍共同制定制定《蜀科》，奠定了蜀汉政权的法制基础。
公元219年(建安二十四年)秋，刘备自称汉中王，任命刘巴为尚书。公元220年(建安二十五年)，尚书令法正病逝，刘巴接替其成为尚书令。公元221年(章武元年)四月，刘备称帝，刘巴为刘备起草了登基时所需的各种祷文、诏诰、文书。
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